創建は一〇〇〇年以上前とされる。
一〇〇〇年以上昔、現在の高知市中心部は海であった。小津神社は創建の当初五〇〇年以上の間、久万に鎮座し、その名を熊野大権現と称された。その後、現在の小津町、大高坂山（高知城）の麓に移転したと云われています。津は港を意味し、『小津』という名から、船着き場の海上安全の神様、厄難消滅の神様として祀られたとされる。
現在残っている記録としては、鰐口に刻まれる銘に、文明六年（西暦一四七四年）土佐郡大高坂郷の氏神として小津村に鎮座したと最初に見ることが出来る。
その後、山内一豊が、関ヶ原の功績により、土佐藩を治める事になり、大高坂山に城を築城にすることに伴ない、寛文十一年（西暦一六七一年）現在地に移転。現在に至る。
出雲系、紀州熊野三社権現那智大社を御本社とし、厄除け、病気平癒、海上安全、交通安全、商売繁盛、良縁招福のご神徳があります。
出雲系太古よりの紀州熊野三社権現熊野那智大社を御本社とし、甦りの信仰・福徳の神、富貴栄達、除災招福、交通安全のご神徳があります。